Paddington voelt zich gelukkig bij de familie Brown in Windsor Gardens, waar hij een populair lid van de gemeenschap is geworden. Tijdens een zoektocht naar het perfecte cadeau voor zijn geliefde tante Lucy's honderdste verjaardag ontdekt Paddington een uniek boek in Mr. Gruber's antiekwinkel, maar dat wordt gestolen door Phoenix Buchanan; een charismatisch acteur en meester in vermommingen. Paddington krijgt de schuld en hij belandt in de gevangenis. Terwijl de familie Brown er alles aan doet om Paddingtons onschuld te bewijzen en hem vrij te krijgen, moet Paddington samen met zijn medegevangenen een plan bedenken om Phoenix te ontmaskeren en het verjaardagscadeau voor tante Lucy terug te vinden.